太平國覆亡的那一年（一八六四），西北的新疆區，又爆發更嚴重的反抗戰爭。
陝西回變領袖人物一的妥明從陝西了新疆山北路的重鎮烏魯木齊，住在烏魯木齊軍區副司令（參將）索煥章中，企圖發動另一個回變，打擊已失控制力的清政府。恰巧軍區總司令（統）平瑞正向各縣徵收捐稅，稅吏馬金、馬八是伊斯蘭教徒，貪污暴虐，各縣漢人紛紛來反抗。馬金、馬八反倒打一耙，指控這是抗暴的漢人有計劃的消滅伊斯蘭教徒，號召伊斯蘭教徒武力對付。古城（新疆奇台）首先發生流血械鬥，索煥章乘著混亂，平瑞殺掉，擁戴妥明當王，建立獨立政權。
明年（一八六五），另一位從陝西逃山南路的陝西回民領袖金相印，在喀什噶爾（新疆喀什）暴動，清政府的官員趕走。山西麓，位於中亞的浩罕王國（烏孜別克浩罕）派了它的將阿古柏，帶著維吾爾人伊斯蘭教徒領袖卓木布士爾克（憐的張格爾子），率領強悍善戰的安集延（烏孜別克安集延）兵團，進入中國領土，援助金相印。浩罕人屬於維吾爾民族，於是漢人伊斯蘭教徒跟維吾爾人伊斯蘭教徒合流。
布士爾克在喀什噶爾稱王，他既沒有才又干預阿古柏的軍權，兩年後（……（内容加载失败！）
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