马国柱，顺治四年（1647年）——顺治十一年（1654年）在任。最早称江南江西河南总督，改江南江西总督。
马鸣佩，顺治十一年（1654年）——顺治十三年（1656年）在任。
郎廷佐，顺治十三年（1656年）——康熙七年（1668年）在任。最早江南江西总督任，改称江南总督，康熙四年（1665年）改称两江总督。
麻勒吉，满人，康熙七年（1668年）——康熙十二年（1673年）在任。
阿席熙，满人，康熙十二年（1673年）——康熙二十年（1681年）在任。
龙，康熙二十年（1681年）——康熙二十三年（1684年）在任，死任。
王新命，康熙二十三年（1684年）——康熙二十六年（1687年）在任，由江苏巡抚迁。
董讷，康熙二十六年（1687年）——康熙二十七年（1688年）在任。
傅拉塔，满人，康熙二十七年（1688年）——康熙三十三年（1694年）在任，死任。
范承动，康熙三十三年（1694年）——康熙三十七年（1698年）在任。
张鹏翮，康熙三十七年（1698年）——康熙三十九年（1700年）在任。
阿山，满人，康熙三十九年（1700年）——康熙四十五年（1706年）在任。
邵穆布，满人，康熙四十五年（1706年）——康熙四十八年（1709年）在任。
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